i due filamenti da ibridare si trovano in una miscela acquosa

uno dei due fillamenti si trova legato su una membrana di nylon o nitrocellulosa

la sonda marcata viene denaturata al calore per 5-10 min a 95°, viene incubata con DNA precedentemente fissato su una membrana di nylon o nitrocellulosa e che può quindi ibridare la sonda.

una delle due molecole si trova nella sua posizione naturale all'interno della cellula, nei cromosomi nel caso del DNA

al posto della membrana si utilizzano vetrini portaoggetto su cui sono fissati i cromosomi metafasici

le sonde utilizzate possono essere ottenute per separazione o clonaggio da DNA genomico. Generalmente si utilizza un frammento di DNA clonato in vettori molecolari x es. in YAC che possono contenre fino a 2 Mb di DNA. Altri tipi di sono sono frazioni di DNA genomico separate con diversi metodi. Talvolta possono essere formati da DNA di un intero cromosoma: librerie cromosoma-specifiche, utilizzate nel chromosome painting

uno de primi sistemi di marcatura: nt radioattivi che incorporati negli ac. nucleici attraverso reazioni enzimatiche consentivano, dopo esposizione radiografica, di individuare l'ac. nucleico marcato

Successivamente : uso di nt non più radioattivi ma coniugati con molecole antigeniche riconosciute da specifici anticorpi; questi nt poi possono essere incorporati dagli acidi nucleici che risulteranno così marcati non radioattivamente

DENATURAZIONE SONDA MARCATA