Galerie de cartes mentales chimie des protéines
Il s'agit d'une carte mentale sur la biochimie, comprenant principalement les acides aminés, Structure moléculaire des peptides et des protéines, Propriétés des protéines, etc.
Modifié à 2024-03-24 14:26:48Cent ans de solitude est le chef-d'œuvre de Gabriel Garcia Marquez. La lecture de ce livre commence par l'analyse des relations entre les personnages, qui se concentre sur la famille Buendía et raconte l'histoire de la prospérité et du déclin de la famille, de ses relations internes et de ses luttes politiques, de son métissage et de sa renaissance au cours d'une centaine d'années.
Cent ans de solitude est le chef-d'œuvre de Gabriel Garcia Marquez. La lecture de ce livre commence par l'analyse des relations entre les personnages, qui se concentre sur la famille Buendía et raconte l'histoire de la prospérité et du déclin de la famille, de ses relations internes et de ses luttes politiques, de son métissage et de sa renaissance au cours d'une centaine d'années.
La gestion de projet est le processus qui consiste à appliquer des connaissances, des compétences, des outils et des méthodologies spécialisés aux activités du projet afin que celui-ci puisse atteindre ou dépasser les exigences et les attentes fixées dans le cadre de ressources limitées. Ce diagramme fournit une vue d'ensemble des 8 composantes du processus de gestion de projet et peut être utilisé comme modèle générique.
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chimie des protéines
acides aminés
Définition des acides aminés
Principales fonctions des acides aminés
Acides aminés protéinogènes et non protéinogènes
Classification des acides aminés
acides aminés hydrophiles
acides aminés hydrophobes
acides aminés essentiels
acides aminés non essentiels
abréviation d'acide aminé
Ala, Arg, Asn, Asp, Cys, etc.
Propriétés physicochimiques des acides aminés
Propriétés physiques générales
Chiralité des acides aminés et sa détermination
Type D et type L
Dissociation amphiphile des acides aminés et calcul du point isoélectrique et du point isoélectrique des acides aminés
propriétés chimiques
Réaction avec la ninhydrine
Réaction avec le 2,4-dinitrofluorobenzène (réaction de Sanger)
Réaction avec l'isothiocyanate de benzène (PITC)
Propriétés d'absorption UV des acides aminés aromatiques | Oxydation de la cystéine et formation de liaisons disulfure Propriétés de dissociation dans le groupe R de His à un pH proche du pH physiologique
peptide
Définition de peptide
Polymère formé en liant de manière covalente deux ou plusieurs acides aminés par condensation de groupes α-amino et α-carboxyle avec des liaisons amide (liaisons peptidiques). Il comprend des oligopeptides, des polypeptides et des protéines. Chaque unité d’acide aminé qui constitue un peptide est appelée résidu d’acide aminé. La structure de la chaîne formée par les résidus d'acides aminés reliés par des liaisons peptidiques est appelée chaîne peptidique.
Propriétés des liaisons peptidiques
Possède des propriétés de double liaison partielle (40%). La longueur de la liaison peptidique est de 0,133 nm, ce qui se situe entre la simple liaison C-N (0,147 nm) et la double liaison C=N (0,128 nm).
Classification et dénomination des peptides
La base principale pour nommer et classer les peptides est le nombre et la composition des résidus d’acides aminés. Les peptides peuvent être classés selon le nombre de résidus d'acides aminés et sont appelés peptides. Par exemple, un peptide composé de 2 acides aminés est appelé dipeptide, un peptide composé de 3 acides aminés est appelé tripeptide, et ainsi de suite. Généralement, les peptides composés de 2 à 10 résidus d'acides aminés sont appelés oligopeptides, les peptides composés de 11 à 50 résidus d'acides aminés sont appelés polypeptides et les peptides composés de plus de 50 résidus d'acides aminés sont généralement appelés protéines. L'insuline contient 51 acides aminés et est une protéine. Le glucagon ne contient que 29 acides aminés, on ne peut donc l’appeler qu’un polypeptide.
Chaque acide aminé qui compose une molécule peptidique n'est pas une molécule complète car il participe à la formation des liaisons peptidiques, c'est pourquoi on l'appelle résidu d'acide aminé (résidu). Dans une molécule peptidique, l'acide aminé N-terminal est le premier acide aminé (résidu). Lors de la dénomination, ajoutez simplement le mot « acyle » après le nom de chaque acide aminé.
Représentation et dénomination des tripeptides
Nom : Alanylglycylaspartate méthode d'affichage : Ala ---- Gly ---- Asp (AGD) Asp----Gly----Ala (DGA)
Peptides non synthétisés par les ribosomes et peptides synthétisés par les ribosomes
Peptide actif naturel ---- glutathion
Composition : Acide L-glutamique, L-cystéine et glycine L'acide glutamique forme une liaison peptidique à partir du groupe γ-carboxyle
Fonction : 1. Les propriétés réductrices des groupes glutathion sulfhydryle protègent l'activité des protéines contenant des groupes sulfhydryle et des enzymes avec des groupes sulfhydryle comme groupes actifs et résistent à l'oxydation ; 2. Le glutathion réduit peut également jouer un rôle détoxifiant en réagissant avec H₂O₂ ou d'autres oxydes organiques.
Propriétés physicochimiques des oligopeptides
dissociation sexuelle
Chiralité et activité optique
Réaction de Biuret*
Généralement, les composés contenant deux groupes carbamoyle (c'est-à-dire des liaisons peptidiques : -CO-NH-) dans la molécule réagissent avec des solutions alcalines pour former des complexes violets ou bleu-violet.
hydrolyse
Avoir des fonctions biologiques spécifiques (ex. glutathion)
structure moléculaire des protéines
définition des protéines
Substance macromoléculaire biologique avec une certaine structure spatiale composée de différents acides aminés reliés par des liaisons peptidiques (le nombre d'acides aminés est supérieur à 50)
"Dogme central"
La fonction de l'ADN réside dans sa structure primaire : la fonction de la protéine réside dans sa structure tridimensionnelle
diversité des protéines
diversité de composition
Les protéines peuvent contenir une ou plusieurs chaînes peptidiques (protéines simples)
Les protéines peuvent contenir des composants non protéiques (protéines de liaison)
Variété de tailles
diversité structurelle
Exemples : (1) Collagène – protéine fibrillaire (2) Myoglobine – protéine globulaire (3) Bactériorhodopsine – protéine membranaire
Diversité des fonctions
Cofacteurs de la chaîne polypeptidique (ions métalliques, coenzymes et groupes prothétiques) ou autres modifications
hiérarchie de la structure des protéines
Dans le plan du peptide, les deux Cα peuvent être en configuration cis ou trans. La configuration trans est plus stable que la configuration cis. (Sauf Pro)
structure primaire de la protéine
(1) C'est la structure covalente (liaison peptidique) de la protéine (2) Il est unique pour chaque protéine (3) Déterminé par la séquence nucléotidique du gène le codant (4) C'est une forme d'information génétique (5) L'écriture se fait toujours de l'extrémité N à l'extrémité C
structure secondaire des protéines
Définition : Le squelette principal de la chaîne polypeptidique elle-même (à l'exclusion du groupe R) (localement) est régulièrement plié et enroulé dans l'espace, ce qui est déterminé par des liaisons hydrogène entre des groupes de chaîne non latérale de résidus d'acides aminés.
Plan peptidique et angle dièdre
Configuration et conformation
hélice alpha
Points structurels
Facteurs affectant la formation de la structure hélicoïdale α
Types d'hélices alpha
Feuille β
Type de pli
pli parallèle
pliage antiparallèle
Points structurels
Structure tertiaire de la protéine
Définition : La structure tertiaire fait référence à la chaîne polypeptidique qui est ensuite enroulée, enroulée et pliée sur la base de la structure secondaire pour former une structure complète principalement maintenue par des liaisons secondaires (parfois des liaisons disulfure et des liaisons de coordination métalliques) via trois chaînes latérales d'acides aminés. -structure dimensionnelle. La structure tertiaire stable comprend principalement les liaisons hydrogène, les liaisons hydrophobes, les liaisons ioniques et les forces de Van der Waals. La structure tertiaire se compose généralement d'un motif et d'un domaine.
Motif
boucle en épingle à cheveux bêta
bobine enroulée
βαβ
paquet de quatre hélices
Méthodes de détermination de la structure tertiaire des protéines
Diffraction des cristaux de rayons X
Imagerie par résonance magnétique (RMN) (moins de 120aa)
Cryo-microscopie électronique (CryoEM)
Six modèles de structures tridimensionnelles de protéines
structure quaternaire de la protéine
sous-unités protéiques
sous-thème
repliement des protéines
Définition du repliement des protéines Règles de base du repliement des protéines Chaperon Maladies liées au mauvais repliement des protéines
Propriétés des protéines
g
dissociation sexuelle
Propriétés colloïdales
réaction de précipitation
Dénaturation et hydrolyse des protéines
réaction de couleur des protéines