胞膜（表膜/質膜）：支持形態並與運動有關

胞質

胞核：由核膜、核質、核仁和染色質組成

膜質細胞器：線粒體、高爾基複合體、溶酶體、動基體（參與能量合成代謝）

運動細胞器：偽足、鞭毛、波動膜、纖毛（與運動有關，是分類重要標誌）

營養細胞器：胞口、胞咽、胞肛（助攝食與排泄）

伸縮泡：調節蟲體內滲透壓

人際傳播型：只需一種宿主，通過接觸或中間媒介傳播

循環傳播型：需兩種或以上脊椎動物作終末宿主和中間宿主

蟲媒傳播型：需在吸血昆蟲體內發育至感染階段，再經蟲媒叮咬、吸血傳播

無性生殖：二分裂、多分裂（裂體增殖）、出芽生殖

有性生殖：接合生殖（纖毛蟲）、配子生殖

營養獲取：小分子養料經表膜滲透和擴散，大分子物質通過胞飲或吞噬攝取

能量代謝：主要利用葡萄糖進行無氧糖代謝，部分原蟲可行有氧代謝

生物合成：需輔助因子，如四氫葉酸和對氨基苯甲酸

增殖作用：原蟲增殖到一定數量後出現損害或臨床症狀

毒性作用：分泌物、排泄物和死亡蟲體分解物對宿主有毒性

機會性致病：免疫功能正常個體感染後無症狀，抵抗力下降時症狀明顯

動鞭綱：杜氏利甚曼原蟲、熱帶利甚曼原蟲等

葉足綱：溶組織內阿米巴、哈門內阿米巴等

孢子蟲綱：間日瘧原蟲、惡性瘧原蟲、剛地弓形蟲等

其他：藍氏賈第鞭毛蟲、結腸小袋纖毛蟲等