En 1810, Gaylussaac découvre que la levure peut transformer le sucre en alcool. Ce fut l’une des premières germes de la recherche en enzymologie.

En 1857, Pastuer pensait que la fermentation alcoolique était le résultat de l'activité des cellules de levure, Accent sur l'importance des cellules vivantes.

En 1876, William Kuhne a proposé le mot « Enzyme » pour désigner diverses enzymes. Cela a jeté les bases d’une dénomination identique des enzymes.

En 1897, les frères Buchner réussirent à fermenter avec du jus de levure acellulaire. Cette découverte a ouvert la porte à l’enzymologie et à la biochimie modernes. Buchner a également remporté le prix Nobel de chimie en 1907.

En 1926, Sumner a isolé et purifié des cristaux d’uréase à partir de graines de haricot épée. Il a été démontré pour la première fois que les enzymes sont des protéines ayant une activité catalytique.

De 1930 à 1936, Northrop obtient des cristaux de pepsine et de trypsine. Il a en outre été déterminé que la nature chimique des enzymes est constituée de protéines.

En 1982, Cech et Altman ont découvert que l'ARN avait un effet catalytique dans leurs recherches sur Tetrahymena. La découverte des ribozymes a brisé le concept traditionnel selon lequel les enzymes étaient des protéines.

En 2007, l'équipe de Yan Xiyun découvre que les nanoparticules d'oxyde ferrique possèdent des propriétés similaires à la peroxydase de raifort, proposant ainsi un nouveau concept de nanozymes. Cette découverte est considérée comme un événement marquant dans l’histoire de l’enzymologie. Elle brouille les frontières entre les matériaux inorganiques et les organismes organiques et favorise l’intégration des nanosciences et de la médecine.