原始大氣→有機小分子→有機大分子→原海洋→原始生命

胺基酸、核酸等簡單有機分子→原核生物→真核生物

由Robert. H. Whittaker提出，生物包括動物界、植物界、真菌界、原生生物界、原核生物界

原因

在研究生物演化和系統分類中，常用一種類似樹狀分支的圖形來概括各種（類）生物之間的親緣關係，這種樹狀分支圖稱為系統發育樹。透過比較生物大分子序列差異的數值所建構的系統樹統稱分子系統樹

獨特的性狀

是最基本的分類單位。可定義為相似菌株的集合，該菌株集合應與其他類群的菌株在表現特徵、親緣關係等方面有明顯差異。

從自然分離到某一微生物的純種，必須與己知的典型種所記載的特徵完全符合，才能鑑定為同一個種。有時分離到的純種大部分特徵和典型種完全符合，但有某一特性與典型種不同，而這一特性又是穩定的，又不至於區分成為新種時，就把這種微生物稱為典型菌種的亞種或變種。

當同種和同亞種的不同菌株之間的性狀差異不足以區分為新的亞種時，可以分為不同的型。

在自然界中，常發現有些微生物種類在特性上介於另外兩種微生物之間，彼此不易嚴格區分，就稱它們為同一「群」。

指不同來源的同一種微生物的純培養。

《細菌與放線菌的鑑定》

《伯傑鑑定細菌學手冊》

《細菌分類學》

Ainsworth系統

V.Arx系統

Kendrick系統

《真菌字典》

Alexopoulos&Mins系統

根據核酸結構的特點

根據宿主不同

形態

生理生化

血清學試驗

噬菌體分型

目前已知細菌、黴菌和酵母菌的細胞壁成分都有明顯不同，故可用細胞壁的成分分析進行微生物的分類。

一般認為，每種物質的化學結構都有特定的紅外線吸收光譜，若兩個樣本的吸收光譜完全相同，可以初 步驟認為它們是同一種物質，因此，人們就利用紅外光譜技術來測定微生物細胞的化學成分來進行微生物的分類。

DNA 是遺傳訊息的主要攜帶者，而遺傳訊息又是決定於4種鹼基在DNA 鏈上的排列順序列，不同的生物，親緣關係越遠的種，其鹼基對排列序列差異就越大。所以分類學家考慮用原核牛物的遺傳物質—DNA 的特性作為分類依據之一，主要有GC含量測定、核酸的雜交技術和序列分析等

數值分類法是在法國植物學家阿丹松發表的分類原理基礎上，借助現代的電腦技術而發展起來的。